Los estudiosos dicen que posiblemente el nombre del municipio se relaciona con la fauna de la región, caracterizada por la presencia de numerosas bandadas de aves que surcan los cielos. También se afirma que puede ser un vocablo indígena que significa padre carga perro. Según la tradición oral, los primeros en colonizar este territorio fueron los hermanos Bernardo, Rafael y Eduardo Espinosa, quienes en 1783 explotaron una mina de sal, aunque su fundación sólo se daría hasta 1825. En 1940, como consecuencia de la violencia partidista que vivió el país, el poblado fue destruido casi en su totalidad, y sólo hasta que se comenzó la edificación de la carretera del Cusiana que conectaba con el Oriente del país, la población volvió a levantarse.
El municipio está ubicado en la zona del piedemonte llanero, cordillera Oriental, y es un valle rodeado por montañas, con algunos accidentes geográficos como las Cuchillas de Alta Gracia, Guamara y Las Lisas. El casco urbano está situado sobre la Vía del Cusiana, que conecta a la troncal central del norte con la troncal del Llano. Cuenta además con una vía muy transitada, aunque en regular estado, que conecta hacia la capital de Casanare, Yopal.
Los principales sitios turísticos de Pajarito son las fuentes termales ubicadas a escasos minutos de la zona urbana, y el salto de Candelas, considerada la caída de agua más alta de Colombia. Por su cercanía con los Llanos Orientales, los habitantes se deleitan con una gastronomía similar a la llanera, basada en la carne asada. Como escenario lúdico y cultural del municipio, en marzo se realiza el ya tradicional Festival del Río Cusiana, un certamen compuesto por cabalgatas, corridas de toros, reinados, presentaciones artísticas (música popular y llanera), mercados campesinos, desfiles de carrozas y muestras artesanales y gastronómicas.
La economía de Pajarito está basada en actividades de ganadería y agricultura. Las condiciones físicas y climáticas del municipio permiten la producción de cultivos como yuca, café, caña de azúcar, maíz y el frijol. Recientemente, y gracias a la labor del gobierno municipal y de gestores locales, el sector turístico ha sido importante.