La historia dice que los indígenas palaguas, descendientes de los caribes, fueron los habitantes originarios del territorio que hoy ocupa Puerto Boyacá, en las riberas del río Magdalena. Los inicios del puerto se remontan a la iniciativa de abrir un camino hacia el occidente de Boyacá, cuya construcción se inició en 1550. El primer caserío existente, situado sobre las márgenes del río Negro, se llamó Puerto Reyes, en honor al presidente Rafael Reyes. Luego, el poblado pasó a ser inspección de policía bajo la administración de Antioquia. En la década de los años 40, comenzó la explotación de petróleo en la región y una compañía norteamericana -Texas Petroleum Company- cedió parte de los terrenos para fundar el pueblo que, en un principio, se llamó Puerto Vásquez. En diciembre de 1957, la Gobernación de Boyacá emitió el decreto para la creación del municipio que, un año después, cambiaría al nombre actual. A partir de allí, Puerto Boyacá se convirtió en epicentro económico y de desarrollo de gran parte de la región del Magdalena medio; en la actualidad, es también conocido como Zona de Manejo Especial del territorio Vásquez, área que limita con departamentos como Boyacá, Antioquia, Cundinamarca y Santander.
Puerto Boyacá es el principal puerto fluvial del departamento. Su territorio hace parte del valle medio del río Magdalena, y el casco urbano está situado a 144 msnm. Otros ríos que surcan el municipio son Negro, Guayaquí y Ermitaño. La economía de los pobladores se sustenta, principalmente, en la ganadería de doble propósito, en la pesca artesanal y el comercio de madera. Desde que Texas Petroleum Company, inició perforaciones en 1940, en el área de Puerto Niño, la extracción del “oro negro” en el municipio no ha cesado un solo instante. Ecopetrol, la compañía colombiana, se vinculó a la explotación en noviembre de 1986, en los campos de producción de Palagua y Caipal, antigua concesión de la Texas. Esto, por supuesto, ha implicado aspectos positivos y negativos en el diario vivir de sus pobladores, los cuales van y vienen al municipio, dependiendo de las oportunidades laborales que se les presentan. Entre los lugares que hay para visitar están la quebrada La Fiebre, la ciénaga de Palagua, la serranía de las Quinchas, la piscina natural Aguas Claras y, por supuesto, el río Magdalena.
