El poblado fue fundado el 10 de enero de 1819 con el nombre de Guatoque: quebrada de monte, en lengua indígena. Este nombre conferido hasta 1906, fue cambiado por el presidente Rafael Reyes Prieto a Santa Sofía, en honor a su esposa Sofía Angulo y a la supuesta confusión que había entre Guateque y Guatoca. En el Alto de Mazamorral, sitio de encuentro entre Santa Sofía, Moniquirá y Puente Nacional, se encuentra un obelisco en remembranza a una batalla librada durante la Guerra de los Mil Días. El municipio fue cambiado de su lugar original y aún se pueden observar sus ruinas.
Santa Sofía está localizado en el flanco occidental de la Cordillera Oriental. Y debido a la ubicación geográfica de sus tierras posee pisos térmicos fríos. Las condiciones físicas y climáticas del área permiten llevar a cabo actividades agrícolasy ganaderas. Su principal río es el Moniquirá, el cual surte de agua al río Sutamarchán.
A Santa Sofía se le conoce como la “capital nacional de la curuba”, fruto cultivado desde épocas precolombinas, al que los campesinos sofileños le han sacado gran provecho; también se cultiva fresa, frambuesa, papa, maíz, arveja, frijol, yuca y batata.
El municipio cuenta con varios sitios de interés histórico, turístico y cultural para visitar, como el Paso del Ángel, un paraje rural sobre el río Moniquirá; el Hoyo de La Romera, lugar donde, dice la leyenda, se arrojaba a las mujeres infieles arrastrándolas de los cabellos; las cuevas de los Indios y de Las Chapas, que servían de templos y túneles a los indígenas; la cascada del Hayal, lugar donde los muiscas se escondían de los españoles; la piedra movible y los petroglifos de El Salitre, donde se encuentran numeroso grabados prehispánicos; la parroquia colonial Santa Rosa de Lima, que data de 1771; y el convento y monasterio de Santo Ecce Homo, lugar de evangelización y retiros espirituales.
Entre las actividades culturales de Santa Sofía se destacan las ferias y fiestas en honor a Santa Rosa de Lima, la feria equina y bovina, al igual que el reinado y concurso de la curuba, donde se premia al mejor productor de este ancestral fruto.