El nombre del municipio se debe al obispo Eduardo Maldonado Calvo, quien realizó la primera visita pastoral y dirigió la diócesis de Tunja durante 27 años. San Eduardo fue fundado en 1914, en los terrenos donados por sus también fundadores Bartolomé Rodríguez, Gabriel Vargas y Neftalí Morales, con el nombre de Villanueva, y estaba ubicado al sur del actual poblado, donde había una capilla hecha de piedra y paredes de bloque. En principio fue un corregimiento de Berbeo, luego pasó a ser inspección y hacia 1965 se elevó a municipio, cambiando el otrora nombre por el actual.
A San Eduardo se le conoce por su abundante riqueza acuífera. El municipio cuenta con numerosas fuentes hídricas que no sólo irrigan gran parte del territorio, lo que facilita el desarrollo de actividades agrícolas y ganaderas, y activa el potencial turístico como nuevo generador de empleo. Dentro de ese capital hídrico están las quebradas Berrería, Batatalera, Honda, Tobacía y Cardeceña, las lagunas Negra, Seca y del Cerro, y varias cascadas o saltos de agua como las Pailas del Diablo, ubicadas en la vereda Quebradas, a pocos kilómetros del casco urbano. También, se puede recorrer parajes rurales como la Peña de Aura, el Alto de la Viola o el Alto del Coro; o de igual forma, conocer el monumento al arriero, la réplica del Puente de Boyacá y el monumento a las víctimas en el parque principal.
Las condiciones físicas y climáticas del municipio han permitido el desarrollo de productos agrícolas de gran calidad como el lulo, el banano, la mora y la pitahaya, así como los cultivos transitorios de frijol, maíz, papa y tomate. Los pobladores celebran las fiestas de San Eduardo, patrono del municipio, y de la Virgen del Carmen. Los canastos y las esteras en bejuco son artesanías que elaboran algunos campesinos; y la gastronomía está compuesta por platos como la carne y la mazorca asadas, las arepas y amasijos.
San Eduardo cuenta con varios sitios turísticos como las lagunas Negra, Seca y El Cerro, Las Pailas del Diablo y el parque principal, donde se halla el Monumento al Arriero. Además, culturalmente, son famosas las coplas que enaltecen el trabajo.
