El nombre de Mongua proviene de una expresión chibcha mengua que significa «salida del sol». El municipio cuenta con vestigios indígenas recopilados en el museo arqueológico y en el sitio denominado Las Piedras de Santo Domingo, donde se encuentran piezas rupestres significativas

En el año 1965, fueron descubiertos nueve monolitos tallados con rudimentarias figuras antropomórficas por los primitivos muiscas de Mongua, en el sitio llamado Huerta Vieja, una zona alta y montañosa en las cabeceras del río Cravo Sur, en la vereda de Sirguazá.

Estas figuras fueron adosadas a los nichos de una vieja capilla de la Curia en la plaza central de Mongua.

Fuente: In ligno facta. Artes escultóricas en los siglos XVII y XVIII en Colombia